Přeshraniční charakter Česko-Bavorského Geoparku vyžaduje specifický management, jehož struktura se bude s rozvojem aktivit dále vyvíjet. V současné době existují tři nezávislá řídící centra, která úzce koordinují společnou činnost geoparku:
Na území Národního geoparku Egeria, tj. v okresech Cheb, Karlovy Vary, Sokolov v Karlovarském kraji, byla iniciativa zprvu vedena Nadací Georgia Agricoly, region Slavkovský les, a poté odborem regionálního rozvoje Krajského úřadu Karlovarského kraje v úzké spolupráci s Českou geologickou službou a dalšími organizacemi. V září 2006 byla zřízena pozice manažera geoparku při Krajském muzeu Sokolov, nyní Muzeu Sokolov, příspěvkové organizaci Karlovarského kraje.
Na území geoparku GeoLoci (okresy Tachov a obec Úterý) řídí aktivity geoparku obecně prospěšná společnost GeoLoci.
V Bavorsku byl vyhlášen Národní geopark Bayern-Böhmen. Zastupuje Koordinations- und Geschäftsstelle Geopark Bayern-Böhmen v Parksteinu, právnická osoba pověřená pracovní skupinou Bavorský geopark. Nově je založena obecně prospěšná společnost GEOPARK Bayern-Böhmen e. V.
Společný management Česko-Bavorského Geoparku je založen na periodické rotaci zástupců uvedených stran na mezinárodní i národní úrovni.
Česko-Bavorský Geopark v Karlovarském kraji
Národní geopark Egeria
Muzeum Sokolov, p.o. Karlovarského kraje
Zámecká 1CZ-356 01 Sokolov
www.geopark.cz
info@geoark.cz
Česko-Bavorský Geopark v Bavorsku
Nationaler Geopark Bayern-BöhmenKoordinations- und Geschäftsstelle
Marktplatz 1
D-92711 Parkstein
info@geopark-bayern.de
www.geopark.de
Česko-Bavorský Geopark v Plzeňském kraji
Národní geopark GeoLoci, o.p.s.
CZ-349 01 Svojšín 1